本发明公开了一种纹枯病抗性评估方法，包括以下步骤：A：选取具有不同纹枯病抗性的小麦萌发期的种子，并采用染有纹枯病菌的种子对选取的部分种子进行侵染，将其余种子作为对照种子；B：在不破坏种子细胞和组织的情况下，采用非损伤性扫描离子选择电极技术检测对照种子和受侵染的待测种子的胚根处的Ca2+离子电压差；C：根据所测Ca2+离子电压差计算所述待测种子的胚根处的Ca2+的流向及流速；D：若所述待测种子的胚根处的Ca2+的流向始终保持外流，则该待测种子为感病品种，若所述待测种子胚根处的Ca2+的流向始终保持内流，则该待测种子为抗病品种。本发明能缩短小麦纹枯病抗性鉴定时间，且其准确性不受环境等不确定因素的影响，同时可节省大量的人力物力。