本发明的目的是提供一种微载体的二维编码方法，特别是将表面凸起微柱阵列用于微载体的编码，首先在300纳米至100微米范围内选定基本编码单元尺寸，然后将微载体平面根据基本编码单元尺寸进行划分，则在微载体平面上得到划分的网格，取完整的网格为基本单元；对微载体平面上划分得到的网格依照从左至右对一行内的基本单元排序，然后再按照从上至下的顺序对不同行进行排序；该编码不但编码量大而且其凸形结构易于用图案扫描技术进行快速检测因此期盼该发明能够有效改善微载体在传感、分离、催化等领域的性能并拓展其应用范围。