一种流动浸染染色仪，包括：微量染色池，用于存放染色液及单片的载有样本的玻片，具有注液口和排液口；注液管，连接所述注液口和染色液容器或冲洗液容器；排液管，连接所述排液口和染色仪外部；蠕动泵，设置在所述注液管上，其控制端连接主控模块；光感测装置，设置在微量染色池侧面，用于检测所述玻片上载有的样本的厚度，并将检测信号提供给主控模块；主控模块，分析所述样本厚度的检测信号，控制染色时间，并控制所述蠕动泵的运行。本发明可以减少试剂耗用量；设置的光感测装置，可以自动判断样本的厚薄，并通过主控模块自动改变所需的染色时间；利用流动池原理来进液和排液，排除了样本间的交叉污染问题，并可以达到清洗的目的。