本发明涉及一种水稻根尖特异表达启动子Pro-Os04g24469及其应用，该启动子具有SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列，或由该序列经取代、缺失和/或添加一个或几个核苷酸衍生的且有同等功能核苷酸序列。本发明还提供含有上述启动子的载体、转基因细胞系以及工程菌。提供含有上述启动子的转基因株系。提供水稻根特异表达启动子Pro-Os04g24469在调控下游基因表达中的应用。本发明有益的效果是：本发明首次提出一个新的能够在水稻根尖特异表达启动子，为后续进一步分析根特异表达的顺式作用元件奠定了基础，还可以为植物根系发育与根构型的改造重建，以及植物抗逆基因工程与遗传改良研究提供新的启动子元件。