本发明公开了一种绿壳蛋鸭选育方法，其特征在于：包含以下步骤：（1）从中心产区5个以上的乡镇收集体型外貌符合该品种、绿壳蛋率达到40%以上的公母鸭的种蛋；（2）将种蛋洗净消毒孵化，淘汰不合格的鸭苗，使得品种外型相对一致，然后混群饲喂至120日龄，按照2♂:10♀比例建立以家系为单位的绿壳蛋鸭基础群；（3）制定综合选择指数，测定过程：至少30个家系，每个家系记录产蛋量每日产蛋数，蛋重，绿壳蛋和白壳蛋数；每个世代淘汰白壳蛋种鸭，每2年繁殖一个世代，通过测交来提高绿壳基因的纯度和产蛋性能，避免全同胞和半同胞交配；通过3-5个世代的选育获得绿壳蛋品群。