本发明公开了一种基于移动终端的门禁系统控制方法、控制系统及移动终端。所述方法，包括：移动终端通过相应的授权账号登陆门禁服务器，从门禁服务器获取门禁的进入指令密码并存储；通过移动终端的近场通讯模块与门禁系统进行通讯，将门禁进入指令密码发送给门禁系统，门禁系统将所述进入指令密码发给门禁服务器进行鉴权；门禁服务器将鉴权结果返回给门禁系统，门禁系统根据鉴权结果开启或不开启门禁。采用本发明可以实现通过移动终端手机控制门禁的开启，可以申请长期控制和访客控制，大大为用户提供了方便。