本发明提供了预测新抗原表位的方法及设备，预测新抗原表位的方法包括：(1)构建候选表位库，其中，所述候选表位库由表达差异肽构成，所述表达差异肽是在具有所述预定状态的样本与不具有所述预定状态的样本之间存在差异的肽；(2)基于历史数据库构建预测模型，所述历史数据库由与所述预定状态相关的已知抗原表位构成；以及(3)将所述候选表位库的至少一个子集作为所述预测模型的输入变量，以便预测新抗原表位。利用该预测新抗原表位的方法，能够真正的从基因水平和蛋白水平确定抗原的突变信息，进而快速有效地获得能够与MHC结合的新抗原表位，且能够精准的预测抗原表位与NHC的结合能力，同时该方法简单方便，能够大大节约人力、物力。