一种药瓶缓冲存储系统，包括药瓶传输装置和药瓶存储装置，所述药瓶传输装置包括药瓶排布机构和药瓶推送机构，所述药瓶推送机构将药瓶排布机构上排布的药瓶推送至药瓶存储装置的缓存平台上。采用药瓶存储装置存储冻干结束封完盖的药瓶，使得工人可以正常上班后再进行人工灯检，冻干箱体出完料后可以继续工作；而对于封盖速度大于灯检速度的时候，将同一批次的药瓶一边存储到缓存平台上，一边进行灯检，封盖工作结束后再将缓存平台上的药瓶推出继续进行灯检，进而提高生产效率和设备的使用率。