本发明提出一种单片机的测试方法和系统，其中，方法包括：待测试单片机中的节点指示控制逻辑接收上位测试机发出的第一测试指令；节点指示控制逻辑根据第一测试指令，调用测试激励表中的测试激励数据，以使待测试单片机中的flash控制逻辑对flash存储体进行编程测试；在待测试单片机中的flash控制逻辑对flash存储体进行编程测试的同时，节点指示控制逻辑接收上位测试机发出的第二测试指令，对待测试单片机中的与flash无关的功能逻辑电路进行测试。本发明实施例的单片机的测试方法和系统，能够在对flash存储体进行编程测试的同时，并行测试与flash无关的功能逻辑电路，节省测试时间，降低测试成本，提高生产效率。