本发明公开了一种量子密钥分配设备的自动化配置方法，激光脉冲经第一光衰减器衰减至单光子水平后进入编码器被编码；同步光经第二光衰减器衰减后产生同步光脉冲，然后与单光子水平的量子光通过合光器合在一起，进入公共信道，通过公共信道后达到接收端；通过分光器将两路光信号分开；同步光脉冲被同步光探测器接收探测后，输出同步时钟信号，用来触发单光子探测器；单光子水平的量子光进入解码器被解码；最后被单光子探测器探测；还包括同步光光强扫描、单光子探测器延时扫描和调相器调相电压扫描。本发明还公开了量子密钥分配设备的自动化配置系统。本发明简化了在实际线路中设备的配置过程，降低了设备对人员的专业要求，同时大大降低了网络的维护成本。