本发明涉及笔写技术领域，公开了一种手写输入笔记校准方法及系统。本发明的方法包括：获取书写设备的书写轨迹，并确定各个时刻书写设备的轨迹坐标，形成各个时刻的轨迹数据；将各个轨迹数据的采集时间存储为轨迹数据的时间标签；根据用户的书写历史记录，确定用户的书写习惯数据；根据用户的书写习惯数据和轨迹数据，确定相邻的两个时间标签之间的第一轨迹坐标和第二轨迹坐标的差值是否异常。本发明的系统包括处理器、笔迹获取单元和书写设备，处理器包括标签分配模块、学习模块和对比模块。本发明的手写输入笔记校准方法及系统，能够准确校对显示笔迹与书写笔迹的轨迹是否相同，从而可以根据校对结果进行修正，保证显示笔迹与书写笔迹的一致。