本发明公开了一种意识障碍大脑皮层状态检测系统，其包括大脑反应信号同步采集模块，反应信号噪声处理模块以及大脑皮层状态检测算法模块。反应信号同步采集模块中包括经颅磁刺激和磁兼容脑电设备；所述脑电帽采用64通道高密度脑电帽；所述经颅磁刺激线圈采用8字形线圈，实施过程中，线圈以磁场垂直与头皮的方向放置于患者左侧背外侧前额叶(10‑20脑电系统中F3电极位置)。本发明填补了意识障碍大脑皮层状态检测系统和方法的空白。相比目前临床研究的方法，本发明的优点在于：经济、便捷、计算简单、适用性强、适合临床推广等。