本发明公开一种鉴定香蕉枯萎病抗性的SCAR分子标记，该分子标记具有如SEQ ID：4所示的核苷酸序列。本发明还公开一种用于扩增SCAR分子标记的引物、包含引物的试剂盒以及上述分子标记、引物、试剂盒在鉴定香蕉枯萎病抗性或筛选抗枯萎病的香蕉中的应用。本发明还公开一种鉴定香蕉枯萎病抗性的方法，以香蕉叶片DNA为模板，采用上述引物进行PCR扩增反应并检测扩增产物，具体表现为检测296bp特异性条带的有无。本发明提供的SCAR分子标记，为香蕉抗病新品种选育提供分子辅助技术，进一步可用于以香蕉组培苗、香蕉田间变异株系以及物理化学诱变后代等为筛选群体的香蕉新品种(系)的辅助筛选。