本发明提供了一种制氧总碳氢分析控制系统及控制方法，该控制系统包括：制氧机系统、分析系统和DSC系统，所述制氧机系统包括第一空分、第二空分、第三空分和液氧罐，所述分析系统包括第一分析通道、第二分析通道、第三分析通道和热备分析通道，所述DSC系统包括控制单元。该控制方法包括为：S1、投入燃烧空气；S2、投入燃烧氢气；S3、投入总碳氢样气；S4、投入总碳氢分析仪；S5、分析控制制氧机系统总碳氢含量。与现有技术相比，本发明具有如下的有益效果：当任一空分分析仪或其单元部件出现故障或损坏时，或分析仪因校验维护而离线时，能够继续监控对应空分的总碳氢含量，避免空分总碳氢积聚过量而引起爆炸风险。