本发明公开了一种深海细菌角蛋白酶及其编码基因、酶蛋白生产工程菌和应用。本发明提供了SEQ ID NO.2或SEQ ID NO.5所示的氨基酸序列组成的蛋白酶，或经过取代、缺失或添加一个或几个氨基酸且具有角蛋白酶活性衍生的蛋白质，以及其编码的基因序列。一种深海细菌角蛋白酶基因kr0631，具有序列表SEQ ID NO.1所述的核苷酸序列，其编码的蛋白酶序列为SEQ ID NO.2。该蛋白酶具有降解角蛋白的特性，一种信号肽序列与蛋白酶基因的组合，使重组酶的胞外产量获得显著提高。本发明在环境废弃难降解蛋白类有机物的处理方面具有广泛的用途。