本发明属于基于胎记的软件识别技术领域，公开了一种基于约束聚类和信息度量的软件胎记特征提取方法，采用约束限定聚类分析，基于互信息来度量特征同类和类间距离。在软件特征选择时，先对软件进行等价语义变换，再进行特征分割，结合程序切片技术对特征进行限定群的分类，对分割的特征碎片集构造增益函数和惩罚函数评价，基于不同构造群的层次聚类选择，筛选出同类中的不变特征并剔除不同类中的普遍特征。本发明考虑特征间的相关性，筛选出的胎记特征组成的集合类区分信息量最大且冗余度最小；既保证胎记特征的抗攻击性，又保证唯一性。本发明提高了软件胎记特征的鲁棒性和可信性，大大提高了软件基于特征的识别率。