本发明涉及一种清洗过滤碱液纳滤膜的方法及系统，清洗方法包括以下步骤：用软水一次循环冲洗纳滤膜，直至纳滤膜出口处的一次冲洗液的PH值为中性，排空一次冲洗液；用酸液二次循环冲洗纳滤膜，直至循环冲洗的二次冲洗液的PH值稳定在1‑1.5，再循环冲洗30min后，排空二次冲洗液；用软水三次循环冲洗纳滤膜，直至纳滤膜出口处的三次冲洗液的PH值大于6，排空三次冲洗液；用碱液四次循环冲洗纳滤膜，循环冲洗15min后，排空四次冲洗液，清洗结束。本发明采用软水、一定浓度的酸性溶液及一定浓度碱性溶液分阶段对过滤碱液纳滤膜进行清洗，去除纳滤膜流道与孔隙中被截留的杂质，改变纳滤膜清洗方式，恢复纳滤膜过滤能力，延长纳滤膜使用周期，降低运行成本。