本发明公开了一种柔性机械臂的控制方法，包括：在慢时间尺度下根据给定位置信息和反馈位置信息，运用自适应动态规划算法设计慢控制器；在慢时间尺度下进行振动估计以得到慢时间尺度下的振动量估计值；在快时间尺度下根据慢时间尺度下的振动量估计值和反馈振动信息重构快变量，并根据快变量，运用自适应动态规划算法设计快控制器；将慢控制器和快控制器组合实现对柔性机械臂的位置和振动的控制。根据本发明的控制方法，能够在不使用系统模型的情况下，实现对柔性机械臂位置和振动的最优控制。