本发明提供一种对实时数据采集系统的数据加密解密的方法以及系统，所述方法通过DES算法将实时数据采集系统的数据分成64位大小的块，用16位密钥重叠组成64位的密钥来加密每个64位的数据块，但在数据打包传输时只对16位密钥进行再加密并和加密的数据一起打包传送，极大地提高了加密运算的速度，不仅满足数据实时采集系统的数据实时性需求，且满足对处理器速度、功耗和稳定性的要求，有效节省了系统内存和处理时间。本发明通过对标准加密算法进行改良，实现简单，能够应用在绝大多数ARM硬件平台和全部DSP硬件上，所述方法和系统除了用于基于无线物联网的实时采集的数据加密保护，还可用于其他有实时性要求的数据加密保护场合。