本发明公开了一种有效鉴别不同种类中华鳖的分析检测方法，包括以下步骤：取待测中华鳖的肌肉组织碾磨均匀后加入二氯甲烷-甲醇混合提取溶液作为提取液；将提取液进行超声辅助提取后加入超纯水再冷冻离心；在冷冻离心所得的首次水相中加入二氯甲烷进行二次提取，将冷冻离心所得的首次有机相以及二次提取获得的二次有机相进行合并，得萃取液；将萃取液放置在氮吹仪下吹干，用乙腈定容，过0.22μm有机滤膜，作为待测液；将待测液通过液相色谱质谱法进行分析检测，利用m/z790,816,818和866的磷脂离子作为潜在标记物用于中华鳖种类鉴别。采用该方法能有效区分浙乌二号、清溪乌鳖、浙新花鳖这三种中华鳖。