本发明涉及一种基于NMR技术筛选粗枝云杉体胚萌发标记代谢物的方法，包括以下步骤：用“滤纸法”对粗枝云杉体胚进行干化处理，用解剖刀分离未干化体胚的子叶和胚根以及干化后体胚的子叶和胚根，不同体胚组织代谢物的萃取、冻干及复溶、NMR检测，代谢组数据处理和标记代谢物的筛选。本发明通过对粗枝云杉体胚不同组织样品的代谢组研究，建立了一套高效、快速和重复性好的粗枝云杉体胚代谢组样品前处理、提取、数据处理和差异代谢物筛选的方法，能有效地揭示和评价干化处理影响粗枝云杉体胚从形态学成熟转向生理学成熟的相关代谢信息。