本发明实施例公开了一种冲牙器的输出控制方法及系统，该方法包括：向所述驱动模块发送脉冲宽度调制信号以控制所述电机的转动速度；获取当前挡位下的目标电压值，并根据预设时间间隔获取所述电源模块的输入电压值；根据所述目标电压值与所述输入电压值的比值，调节所述脉冲宽度调制信号的占空比；根据调节后的脉冲宽度调制信号控制所述电机的端电压值。通过上述方法，能够根据电源模块的输入电压值变化实时地更新脉冲宽度调制信号的占空比，使电机两端的电压达到稳定范围，从而使得冲牙器能够有稳定的水压输出，提升了冲牙器的洁牙效果，并改善了用户使用体验。