本发明公开了一种透明材料表面及内部缺陷的检测方法和检测系统，检测系统包括：光学测量系统、光学分析系统和彩色共焦数据处理程序。光学测量系统用于光的输出并接收被测透明材料表面及内部缺陷的反射光，将其输出到光学分析系统；光学分析系统，用于接收透明材料表面及内部缺陷的反射光；彩色共焦数据处理程序，用于对光学分析系统获取的反射光进行分析以获取反射峰对应的波长值，再对此波长值进行处理以获取被测透明材料的表面及内部缺陷信息。本发明还提供了基于上述检测系统的透明材料表面及内部缺陷的检测方法。本发明的透明材料表面及内部缺陷的检测方法和检测系统，能够快速、无损、准确的对透明材料表面及内部缺陷进行定性定量地测量。