本发明属于聚酯薄膜技术领域，具体涉及一种高透聚酯薄膜及其制备方法，所述的高透聚酯薄膜包括芯层及设置在芯层一侧或两侧的表层，所述的表层包括聚对苯二甲酸乙二醇酯93～97％、无机粒子0.08～0.25％、其它助剂2.75～6.92％；所述百分含量是质量百分数；所述的无机粒子经相容剂包覆改性处理；本发明通过在表层添加经过相容剂包覆改性处理的无机粒子，提高了无机粒子在聚酯薄膜表层中与聚对苯二甲酸乙二醇酯的结合能力，减少了在双向拉伸成型后的聚酯薄膜中无机粒子周围出现的空隙，从而显著的改善因无机粒子的存在导致的光线透过率降低的问题；采用相容剂包覆改性处理的无机粒子与聚对苯二甲酸乙二醇酯的结合力较强，防止了无机粒子的脱落带来的一系列的外观问题。