本发明公开了一种自动钻孔系统，包括上下移动、用以抬放多个竖直码放的盐芯的顶升机构；位于所述顶升机构上方、用以将抬升至加工平面的盐芯推至加工工位的送料机构；位于所述送料机构两侧、用以供盐芯以其中心进行夹紧的夹紧机构；位于所述夹紧机构正上方的钻孔机；位于所述送料机构的下游、用以收集钻孔后的盐芯的收料机。上述自动钻孔系统通过多台自动化设备，包括可自动上料的顶升机构和送料机构、可自动钻孔的夹紧机构和钻孔机、可自动收料的收料机之间的相互配合，实现了上料、送料、夹紧定位、钻孔、收料这一系列工序的自动化和连续化，加工效率显著提高。本发明还公开了一种自动钻孔方法。