本发明公开了一种甚短弧高频仅角度观测值的初轨确定方法，包括：设定被测天体轨道的偏心率范围；将观测弧段划分为轨道确定子弧段和轨道质量控制子弧段；从轨道确定子弧段中选取得到第一时刻和第二时刻；进行二重循环，分别得到第一时刻观测者、第二时刻观测者与被测天体之间的距离，进而计算得到被测天体在第一时刻的一组轨道参数；在一组轨道参数进行长半径和偏心率满足设定条件时，获取轨道质量控制子弧段上的观测值进行质量评估；在质量评估结果通过时，将一组轨道参数作为备选解；依次得到多组备选解，并从多组备选解中筛选得到一组最优备选解输出。本发明解决了由于基本方程的病态性问题导致的甚短弧仅角度观测值初轨解算成功率低的问题。