本发明提供了输入非线性的分数阶多智能体系统控制器的设计方法，在分数阶多智能体系统模型中，引入观测器模型，以观测分数阶多智能体系统的未知状态变量xi,k；根据观测器观测到的分数阶多智能体系统的未知状态变量，采用自适应反步法，得到分数阶多智能体系统控制器的输入变量vi；将分数阶多智能体系统控制器的输入变量vi代入非线性函数中u(v)中，即得到分数阶多智能体系统控制器ui(vi)。本发明的有益效果是：使含有饱和死区的具有严格的输出反馈的分数阶多智能体系统保持稳定，每个智能体的输出渐进跟踪输入信号的变化。