本发明提供了一种智能配变系统和该系统的应用方法，包括：容器和控制器；容器部署于配变终端，用于：管理和运行不同类型的应用服务，每类应用服务部署于一个容器中；控制器包括服务端和客户端，服务端部署在主站，客户端部署于配变终端，服务端远程控制客户端，用于通过协同工作实现对配变系统中配变终端的网络、设备以及容器进行管理。该系统和应用方法在配变终端内采用容器运行和管理不同类型的应用服务，实现了不同应用的隔离。应用服务在配电终端内进行数据处理，降低了通信资源的消耗并提升了相关业务的及时性。同时通过控制器能够进行远程管理，提高了智能配变终端的故障自诊断能力和可管理性。