本发明提供了一种莫西菌素的纯化方法，包括：S1)将莫西菌素粗品与溶剂混合充分溶解，得到上样液；S2)将所述上样液经柱层析进行纯化，得到莫西菌素；所述柱层析的色谱填料以高交联度聚苯乙烯/二乙烯基苯共聚物为基质。与现有技术相比，本发明采用柱层析纯化的方式，能加大层析过程的上样量，该纯化方法工艺简单，所用溶剂量少，整个过程莫西菌素的回收率与纯度均较高，且所用填料的种类、溶剂类型和大量产品的工业放大工艺路线相近，可进行工业化，并过了中试验证试验。