本发明提供了一种应用于汽车ECU升级文件系统及方法，包括将新文件分别与多个旧文件通过差异分析，形成多个补丁包，在多个补丁包选择其中一个作为基准补丁包，并将所选的基准补丁包分别与剩余的多个补丁包通过差异分析，形成多个弥补包。将基准补丁包与待升级ECU匹配的弥补包进行数据包合成，形成与待升级的ECU对应的补丁包；将待升级的ECU对应的补丁包与当前ECU的旧文件进行数据包合成并形成需要升级的新文件。通过引入弥补包替代不同历史版本的补丁包，能够大幅度降低升级所需数据包的大小，同时也节省ECU升级补丁包的传输时间，而不必每次都需要从服务器下载。