本发明实施例提供了一种数据库同步中基于闪回查询的初始化装载方法及设备。所述方法包括：获取源端数据库当前日志的第一最终SCN，若当前活动事务中存在与系统表相关的活动事务，且相关的活动事务的起始SCN小于第一最终SCN，则将相关的活动事务提交完毕；获取第二最终SCN，将第二最终SCN送至目标端数据同步服务，将第二最终SCN与待装载表进行关联，根据第二最终SCN，闪回查询待装载表在第二最终SCN处的数据镜像，并送至目标端数据同步服务，对数据镜像进行同步，并将待装载表在日志流中捕获的操作，发送至目标端数据同步服务；若操作的SCN大于第二最终SCN，则同步待装载表。本发明可以保证源端和目标端数据库的一致性，以及源端数据库应用的稳定性。