本发明属于植物基因工程技术领域，具体涉及陆地棉基因组的精确高效编辑方法。本发明对含有棉花内源启动子pGhU6‑7的pRGEB32‑GhU6.7‑NPTⅡ载体进行改造，以LbCpf1蛋白取代原有的Cas9蛋白，构建在棉花中具有编辑能力的载体GhRBE3。选取GhCLA为目标基因验证GhRBE3在棉花中的应用。设计1个靶标，利用农杆菌介导的遗传转化将Cpf1基因编辑系统导入棉花基因组，对转基因植株进行Sanger测序和高通量测序，检测本发明在异源四倍体棉花基因组中的编辑效率及脱靶效应。本发明具有良好的编辑效率和特异性。