本发明公开了一种新型含氟甜菜碱型表面活性剂及其制备方法和应用，采用醇胺类化合物与含氟醇为原料，依次进行去质子化、卤化和醚化反应，得到含氟叔胺，再将其与带有不同亲水基团的卤代物进行季铵化反应，即得到所述含氟甜菜碱型表面活性剂。该表面活性剂易于降解、无生物累积及表面活性优良，反应机理简单、环境污染小、成本低，本发明既提高八氟戊醇、十二氟庚醇或十六氟壬醇等副产物的经济附加值，同时又为含氟表面活性剂的制备提供一种来源广泛，价廉易得新原料，也解决了副产物难处理的问题，提供了一种新型、高效、廉价、环保的含氟表面活性剂，具有良好的应用前景。