本发明涉及生物技术领域，具体涉及猪圆环病毒2b型和2d型的二价亚单位疫苗及其制备方法。本发明提供一种重组杆状病毒，其包含一个或多个拷贝的猪圆环病毒2b型或2d型的Cap蛋白编码基因。本发明还提供猪圆环病毒2b型和2d型的二价亚单位疫苗，其包含采用所述重组杆状病毒表达的猪圆环病毒2b型或2d型的Cap蛋白。本发明通过人工密码子优化，实现了猪圆环病毒2b型或2d型的Cap蛋白的高水平、高纯度表达，保证了Cap蛋白的天然结构和免疫原性。本发明提供的猪圆环病毒2b型和2d型的二价亚单位疫苗具有高度的免疫原性和安全性，对猪圆环病毒发挥优异的免疫保护效果。