本发明公开了水稻SPL6基因在抑制水稻穗顶部退化中的应用，包括如下步骤：1)提取水稻的基因组，进行基因测序；2)通过与SPL6基因正常的野生型水稻基因组进行序列对比，筛选出SPL6基因发生突变的包括spl6‑1和spl6‑2的突变体spl6‑Mut；3)通过RT‑PCR克隆含有SPL6编码框的序列片段、SPL6启动子序列片段，将这两个片段依次连入植物双元表达载体，获得与野生型SPL6基因相当的遗传互补质粒spl6‑Comp；4)将得到的spl6‑Comp质粒通过农杆菌介导的转基因方法转入突变体spl6‑1植株中，获得的转基因植株经基因组水平、转录水平鉴定为阳性植株；5)通过植株培育，得到成熟期穗子正常、恢复为正常SPL6基因的转基因水稻。实验表明SPL6可以恢复spl6‑1突变体穗子死亡的表型。