一种基于压电比例阀的微流量控制系统及方法，属于航天器电推进技术领域。本发明包括：控制流量输出的阀门、控制器和流量传感器；所述阀门在未加载驱动电压时，处于关闭状态，流量输出为零；接收控制器输出的驱动电压信号后，根据驱动电压信号大小，控制阀门打开程度，控制输出流量；所述输出流量按一定比例分为若干条主路流量和单个旁路流量；所述流量传感器实时检测第i个控制周期内单个旁路流量的流量大小，生成流量数字信号输入控制器；所述控制器接收第i个控制周期内的流量数字信号，得到测得的实际流量，并根据控制算法输出控制阀门开度的驱动电压信号。本发明具有性能稳定、调节灵活、精度高的优点。