本发明涉及一种不同子流域河道网格演算次序编码方法，包括：进行河道网格和子流域划分，子流域编码，汇流层编码，层内顺序编码，流入网格编码和河道编码。通过本发明的编码方法，可以实现网格型水文模型的产汇流计算，编码规则将流域各个子流域赋以不同的标识值，方便并行计算，在编码过程中区分了河道网格和非河道网格，且网格之间的水力联系仅发生在相邻层之间，在计算过程方便通过编码规则按照拓扑关系查找计算过程中出现的问题，解决不同子流域河道网格演算次序编码问题。