本发明涉及一种基于低轨星基锚固的北斗导航星座自主定轨方法：通过北斗星间链路进行星间双向伪距观测，并将北斗星间双向观测量信息、本星在地心惯性坐标系下的先验位置和速度信息，通过星间链路发送至相邻北斗导航卫星；接收低轨卫星发送的北斗下行观测量信息以及低轨卫星自主定轨数据；对北斗双星之间的伪距和北斗卫星与低轨卫星之间的伪距进行误差修正，消除收发设备误差和链路误差；将修正后的北斗卫星与低轨卫星之间的伪距、北斗卫星与低轨卫星之间的伪距统一到同一时刻，并解耦北斗星间双向观测信息中的星间距离和相对钟差，将低轨卫星伪距、北斗星间距离和相对钟差作为观测量，采用扩展卡尔曼滤波方法，计算北斗卫星的位置、速度和钟差。