本发明提供一种变流器控制方法及系统，其中的方法包括：获取变流器状态量瞬时参数及预设参考参数，通过功率环控制，获取参考三相电感电流幅值及相角，将变流器作为可控电压源，将变流器三相交流电压作为受控电压源，通过电流环控制，获取参考三相交流电压；通过调制技术对参考三相交流电压调制，生成变流器的开关管触发信号。本发明利用预设参考有功功率、预设参考无功功率，动态调节参考三相电感电流幅值与相角，实现变流器有功功率和无功功率的可控性；将变流器作为可控电压源，分别控制变流器输出的三相交流电压，减少了变流器的交流侧谐波电流和电网谐波振荡。