本发明涉及一种水性聚酯氨基烤漆涂料及其制备方法和应用，包括以下重量份数的组分：水性饱和聚酯树脂30-50份；氨基树脂6-15份；钛白粉5-15份；沉淀硫酸钡5-10份；成膜剂5-7份；润湿分散剂0.2-0.5份；流平剂0.2-0.5份；增稠剂0.2-0.5份；中和剂2-3份；去离子水5-10份；消泡剂0.3-0.67份。本发明公开了一种水性聚酯氨基烤漆涂料及其制备方法，水性聚酯树脂制备的氨基烤漆膜具备优异的附着力、耐水性、耐化学品性。本发明的水性聚酯氨基烤漆涂料，可广泛应用于农用车、家电、五金配件等行业，符合绿色环保要求，不含易燃易爆的有毒有害的溶剂，施工简单，效率高，可替代溶剂型氨基烤漆涂料，具有良好的应用前景。