本发明公开了一种具有防治儿童青少年自闭症的益生菌矿物粉及其应用，益生菌矿物粉包括矿物类和萜类组份、药食两用组份、益生菌组份和维生素组份。经临床对比试验发现，采用本发明的益生菌矿物粉组合物具有很好的降低儿童孤独症评定量表（CARS）和儿童孤独症家长评定量表(ABC)的数值，并且能够提高Gesell发育量表（社会适应DQ、个人社交DQ、语言DQ）的数值。并且本发明通过药理试验表明，本发明提高的益生菌矿物粉可提高脑内神经递质5‑羟色胺和脑内神经营养因子的含量，可用于自闭症的新选择，且安全性高。