本发明公开了一种电磁脉冲干扰测试系统及方法；该系统包括：传输线脉冲测试设备、待测的数字电路以及辅助监控设备；其中，数字电路具有预先指定的至少一个待测端口、至少一个状态端口，以及每个待测端口对应的输出端口；其中，至少一个状态端口为表征数字电路的工作状态的端口；传输线脉冲测试设备，用于向每个待测端口注入电磁脉冲，并监测该待测端口对应的输出端口的泄漏电流；辅助监控设备，包括多个辅助监控单元；每个状态端口，均与多个辅助监控单元中的一个对应相连；每个连接有一状态端口的辅助监控单元，用于对所连接的状态端口的信号进行实时监控。本发明可以提高电磁脉冲干扰测试的测试效率。