本发明提供一种球等鞭金藻扩繁的方法，通过添加分离自球等鞭金藻中的一种藻际有益细菌来提高球等鞭金藻最高繁殖密度以及平台期维持时间；本发明个所使用的从球等鞭金藻中筛选的藻际有益细菌，其一种具体的菌株为交替单胞菌(Alteromonas sp.)NBU‑A‑0001菌株，其保藏编号为CCTCC M 2020010。本发明方法使球等鞭金藻的繁殖速度远高于常规微藻营养液培养微藻的速度，而最高繁殖密度以及平台期维持时间远高于常规培养营养液，在同样水体条件下可以提供更多的微藻供应，同时由于平台期较常不容易衰败，非常利于实际贝类规模化生产过程中微藻量控制和生产管理。