本发明涉及土木工程的结构优化设计技术领域，公开了一种基于两种极限状态的深梁分离式配筋多目标拓扑设计方法，具体包括以下步骤：a：建立钢筋混凝土模型；b：选择所有活单元分析；c：进行停止准则的判定；d：进行主要目标优化；e：计算钢筋应力峰值σn,max的增长率Pn及标准差增长率Sn并且分别与阈值P和S比较，满足条件直接进入第f步，否则回到b步骤；f：进行次要目标优化，选择步骤d中被删除的低应力灵敏度单元，计算所删低应力灵敏度单元对应的应力峰值灵敏度复活应力峰值较小的低应力灵敏度单元；g:重复循环b～f步骤，直到满足停止准则。本发明有利优化和合理化深梁配筋，以获得更佳的力学特性及破坏形态，并一定程度上减少钢筋用量。