本发明提供了一种接头序列及其应用，所述接头序列包括若干碱基组成的分子标签和基于测序平台的测序接头；所述分子标签位于所述测序接头的3’端；所述接头序列通过分子标签连接在片段化DNA上。本发明将含有若干碱基组成的分子标签和基于不同测序平台的测序接头相结合，构建的接头序列在文库构建前期连接在片段化DNA的一端和/或两端，实现对原始的DNA片段的标记作用，测序接头连接后对DNA直接进行上机测序，保留了原始序列，实现了追溯DNA片段的原始来源的技术效果，分析测序结果过程中根据分子标签去除读长中的重复片段，提高了测序准确性。