本发明公开了一种花椒籽筛选工艺，包括以下步骤：花椒采摘→花椒浸洗→沥水清渣→烘干开口→多层分筛→花椒籽分离，将采摘后的花椒先置于集热式恒温加热磁力搅拌器中加入清水和膨松剂浸泡，膨松剂与花椒为0.1-0.2:1配比，烘干后的花椒置于多级筛选机中多级筛选。本发明通过花椒浸洗过程中添加适量的膨松剂，可使花椒的开口处膨松化，进而降低花椒烘干时的温度，在保证花椒开口率的同时，有效避免烘干温度过高导致花椒中的成分流失，且花椒长时间在过高温度中烘干容易焦糊，影响花椒质量，且经过多次筛选清渣的花椒渣滓去除率达到98％，便于花椒以及花椒籽的后期加工。