本发明公开了新壳聚糖酶CHI1、其编码基因及其应用，所述新壳聚糖酶具有如Seq ID No:1所示的氨基酸序列或至少95％的序列同一性且具有基本相同酶活的氨基酸序列。所述新壳聚糖酶来源于小黄鱼消化道内容物宏基因组。上述新壳聚糖酶的编码基因，该编码基因具有如Seq ID No:2的核苷酸序列。生产上述新壳聚糖酶CHI1的方法包括以下步骤：在适合与所述新壳聚糖酶生产的条件下，对上述能表达新壳聚糖酶的培养物进行发酵，并对发酵产物进行分离和纯化，得到壳聚糖酶。本发明提供的新壳聚糖酶的活性高、稳定性高，可通过工程菌发酵进行该酶的大批量生产，以便于将该壳聚糖酶应用于工业化寡聚糖生产中。