本发明公开了一种用于高分五号影像的自动质检方法和系统，涉及光学遥感图像处理和图像识别领域。该方法包括；对现待质检的原始影像的海量数据进行初步筛选，去除不满足条件的数据，获得筛选合格数据，根据已有的高分五号影像数据训练后的模型，对筛选合格数据进行提取影像数据特征，并根据影像数据特征进行分类，根据分类结果输出与原始影像相同分辨率的掩膜数据，对掩膜数据进行判断，获得判断结果，实现对云覆盖和强噪声影像的准确识别，完成对高分五号数据的自动化的质检，以一种新的深度卷积神经网络有效提取云和强噪声影像的浅层空间信息和深层语义信息，并在进行有效融合，实现对云覆盖和强噪声影像的准确识别。