本发明提供一种基于深度学习的多域协同无人机探测方法及系统，采用监测天线阵列、射频前端以及信号处理板实现，监测天线阵列接收无人机的通信波形信号，所述通信波形信号经所述射频前端进行低噪声放大、滤波以及下变频后输入到所述信号处理板，所述信号处理板分别对信号进行空间域、时间域和频率域的特征提取，然后将提取得到的三种特征向量数据拼接在一起构成多域协同向量组，再通过神经网络模型对所述多域协同向量组的综合特征进行提取，输出无人机的存在信息。本发明的有益效果：提高了无人机探测准确率，降低了虚警率。