本发明涉及薄膜材料技术领域，特别涉及一种衬底基板/压电材料薄膜结构及其制备方法和应用。方法包括：提供衬底基板和压电材料基板，衬底基板和/或压电材料基板的近表面层中具有通过离子注入形成的第一缺陷层；键合衬底基板和压电材料基板，得到包括衬底基板层和压电材料基板层的键合结构；其中，衬底基板和/或压电材料基板的、靠近第一缺陷层的表面为键合面；加工键合结构，使键合结构中的压电材料基板层形成具有预设厚度的压电材料薄膜层，以及使第一缺陷层形成多孔层，得到具有多孔层的衬底基板/压电材料薄膜结构。本公开能够减少键合面处的体声波反射，提高利用上述薄膜结构制备的声表面波器件的性能。